孙中山大元帅府旧址因孙中山-年间两次在这里建立大元帅府而得名。
孙中山大元帅府前身为广东士敏土(cement)厂,始建于清光绪年(年),生产规模仅次于天津开平水泥厂,是当时我国第二大水泥厂。
年月,孙中山率领部分海军南下,在广州召开国会非常会议,建立中华民国军政府,开展护法运动。年月,由于受盘踞在广东的桂系军阀及政学系的破坏和干扰,孙中山辞海陆军大元帅职离开广州,护法运动以失败而告终。年月孙中山重返广州,建立陆海军大元帅大本营。大本营成立初期先后平定了沈鸿英叛乱和东江叛乱,进一步巩固了广东革命根据地。这一时期孙中山的思想和政策发生了重大转变,在共产国际和中国共产党的帮助下,改组国民党、实现国共合作、开展国民革命。年月孙中山应邀北上商谈国是,于次年月日在北京病逝。年月日,中华民国国民政府在广州正式成立,大本营完成了它的历史使命。
孙中山逝世后,这里又作为国父文化教育馆两广分馆、国父纪念馆等。广州解放后,该处先后成为部队和省有关部门的办公用房,-年成为广东省农业机械供应公司办公、居住用房。年月,大元帅府旧址被移交给广州市文物管理部门,筹建孙中山大元帅府纪念馆。