小孤山位于中湖，距北湖头六十余华里，也是地壳断裂后留下的残块。小孤山高出水面十九米，小巧玲珑，面积为大孤山的五分之一。山形似雄狮，斜卧湖心，崖岸陡峭，孤悬湖面。岛上各种树木葱郁，幽曲小径数条。山峦东部有棵古老的红松，高达二十余米，直径约为三十厘米。崖上布满瓦松、卷柏等耐旱树木，还有崩松和栎树。岛上以山杨、白桦等阔叶林居多，还有山梨、李子、山丁子、元枣等果树。春深时节，枣树映红，梨花带雨，点缀着小小孤岛，使小岛流满无限生机。
孤岛石壁上一处种着一种苔藓类植物，冬夏常青，称为“石花”。游人多采集置于鱼缸中，留做纪念。它比水草别致，既有草的嫩绿，又有花的姿容。