慈云寺位于重庆两江(长江、嘉陵江)汇合处的对岸——南岸玄坛庙狮子山。始建于唐代,重建于清乾隆二十二年(公元一七五一年),原名观音庙。当时重庆八省会馆(云、贵、湘、鄂等省)设有一善堂于内,举办施钱、施粥、义学等救济事宜。一九二七年,云岩法师(慈云和尚,人称八指头陀)托钵来此,募资重修扩建,成为佛教的十方丛林,更名为慈云寺。嗣云岩法师立下宏愿,为了广纳四众弟子。于寺内设有"爱道堂",安置尼众,打破历来僧尼不同院的习惯,把慈云寺改变为海单寺院。海单寺院即僧尼都可挂单的庙子。凡四众弟子只要持有戒牒衣袍钵等到此,通过知客师同意,就可挂单食住。
慈云寺之所以僧尼合庙,说来确有一段因缘。重庆由于是长江上游的交通枢纽,早年轮船停泊的码头不在朝天门而在南岸玄坛庙。各地僧尼和男女居士上朝峨嵋山,下朝普陀山等地,经过重庆都要到南岸玄坛庙搭乘轮船。有位叫向兴发的领江笃信佛教,皈依云岩法师时立下宏愿:凡是朝山拜佛的人,在玄坛庙搭乘他领航的福元、福通两轮,一律免费,并供给斋饭。云岩法师因而广结善缘;打破旧例,建此海单寺院,便于接纳五湖四海朝山拜佛的僧尼和男女居士。当时南来北往朝拜九华、五台、峨嵋、普陀山等圣地的僧尼,多在此寺驻脚。扩建这座寺庙,历时数载,云岩法师均亲率僧众,挑石运土,备极艰辛。当时军、政、金融各界要人如刘湘、潘文华、潘昌猷、陈丽生等均出力资助,成为慈云寺的外护。